Фамилия Молдабергенов — характерный пример сложения, при котором русский суффикс -ов присоединился к тюркскому имени-основе. В данном случае перед нами не прозвище и не название ремесла, а отчество в чистом виде: Молдабергенов буквально означает «потомок Молдабергена». Само имя Молдаберген составное: первая часть «молда» восходит к арабскому «мулла» (духовное лицо, знаток ислама), а вторая — «берген» — из казахского или близкого тюркского языка, где «берген» значит «дал» или «дарованный». Таким образом, всё имя можно истолковать как «дарованный муллой» или «муллой данный» — вероятно, так называли ребёнка, рождение которого приписывали заступничеству или благословению религиозного авторитета.

Географически фамилия почти наверняка казахского происхождения. В Казахстане и среди казахов за его пределами имя Молдаберген встречается нередко, а формант -ов — это уже результат русификации, типичный для советского делопроизводства, когда тюркские фамилии приводили к единому образцу. В самой казахской среде фамилия могла бы выглядеть как Молдабергенұлы (буквально «сын Молдабергена»), но в паспортах закрепился именно русский вариант с суффиксом.

Стоит обратить внимание на то, что в основе лежит не просто имя, а социально окрашенное слово «молда». В дореволюционной и раннесоветской Средней Азии муллами называли не только служителей культа, но и грамотных людей, учителей при мечетях. Поэтому предок-носитель имени Молдаберген мог происходить из семьи, имевшей отношение к образованию или духовенству, хотя само имя не гарантирует, что все его носители были муллами — скорее оно отражает уважение к религиозной традиции.

В написании фамилии возможны варианты: Молдабергенов, иногда с удвоенной «н» (Молдабергеннов) — но это редкость и ошибка переписчиков. Встречается также форма Молдабергенов без мягкого знака, что соответствует правилам русской транскрипции.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Молдабергенов стоит в одном ряду с Молдашевым, Молдабаевым, Молдагалиевым — все они образованы от имён, содержащих компонент «молда». Разница лишь во второй части: у Молдабергенова она указывает на дар, а не на родство (как в Молдабаеве, где «бай» — богач) или происхождение (как в Молдагалиеве, где «гали» — арабское «высокий»). Это делает фамилию более «сюжетной»: она хранит историю о том, как и почему ребёнка назвали именно так, а не просто перечисляет предков.