Фамилия Молдагаипов звучит непривычно для русского уха, но её строение прозрачно и сразу указывает на тюркское происхождение. В основе лежит мужское имя Молдагаип, которое, в свою очередь, сложено из двух частей: «молда» (от арабского «мауля» — господин, владыка, но в тюркских языках закрепилось как «мулла», то есть служитель культа, грамотей) и «гаип» (арабское «гайб» — скрытый, тайный, невидимый). Таким образом, имя Молдагаип можно перевести как «скрытый мулла» или «тайный служитель», что могло быть прозвищем религиозного человека, избегавшего публичности, либо именем, данным в честь некоего духовного авторитета.

Фамилия образована по классической для казахской и других тюркских ономастик модели: к имени предка добавляется русский патронимический суффикс -ов, что дало форму Молдагаипов. Это типичный пример русификации фамилий в XIX–XX веках, когда носители тюркских имён получали фамилии с русскими окончаниями, чтобы вписаться в имперскую бюрократическую систему. Без суффикса -ов фамилия звучала бы как Молдагаип (или Молдагаип-улы, то есть «сын Молдагаипа»), но в документах закрепился именно «русский» вариант.

Географически фамилия Молдагаипов почти наверняка связана с Казахстаном. Имя Молдагаип встречается среди казахов, особенно в западных и южных регионах (Атырауская, Мангистауская, Кызылординская области), где сильны традиции исламской учёности и почитания духовных лиц. Социальный контекст: предок носителя фамилии, скорее всего, был муллой — не обязательно официальным, но человеком, знавшим арабскую грамоту, Коран, выполнявшим религиозные обряды. В степной среде мулла часто был единственным грамотным человеком в ауле, и его имя становилось родовым.

С точки зрения словообразования, интересно, что в фамилии сохранён двойной арабский корень, что редкость для русифицированных тюркских фамилий. Обычно такие имена упрощались до одноосновных (например, Молдашев от «молда»), но здесь закрепилась полная форма. Это делает фамилию Молдагаипов ценной для этимолога: она почти без изменений донесла до нас имя человека, жившего, вероятно, в XVIII–XIX веках.

Однокоренных фамилий немного: Молдагаипов стоит в одном ряду с Молдагалиевым (мулла Али), Молдабаевым (мулла-богач), но отличается именно вторым компонентом «гаип», который указывает на сокрытость или тайну. Возможно, прозвище Молдагаип давали человеку, который редко появлялся на людях, или же тому, кто знал «скрытые» (тайные) знания — например, знахарю или предсказателю, что в народе нередко связывали с муллой.