Фамилия Молдагали — яркий пример того, как тюркское имя, пройдя через русскую паспортную систему, закрепилось в качестве наследственного родового имени. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ с помощью суффиксов -ов/-ев или -ин, Молдагали не имеет типичного славянского окончания. Это так называемая «неоформленная» фамилия, то есть застывшая форма личного имени без добавления патронимического суффикса. Такая модель распространена у народов Северного Кавказа, в Поволжье и, особенно, в среде казахского и башкирского населения, где фамилии часто напрямую берут имя предка.

Основа фамилии — составное тюркское имя Молдагали. Оно распадается на две части: «молда» и «гали». «Молда» (от арабского «мулла») — это исламский священнослужитель, знаток Корана, грамотей. В казахской и башкирской среде так называли не только духовное лицо, но и вообще уважаемого, учёного человека. Вторая часть — «гали» (арабское «али») означает «высокий», «великий», «возвышенный». Полное имя Молдагали можно перевести как «великий мулла» или «возвышенный учёный», что указывает на высокий статус или религиозные устремления предка, давшего имя роду.

Скорее всего, фамилия возникла в XIX — начале XX века, когда у казахов и других тюркских народов Российской империи начался процесс массовой фиксации фамилий. Чиновники записывали в метрики и переписные листы имя отца или деда как фамилию для всего семейства. Поэтому предок носителя фамилии Молдагали, вероятно, был либо муллой, либо просто набожным и уважаемым человеком, которого в округе величали Молдагали — то есть «почтенный, как мулла, Али».

Географически фамилия Молдагали чаще всего встречается в Казахстане, особенно в западных и южных областях, а также среди казахской диаспоры в России (Астраханская, Оренбургская области). Встречаются варианты написания: Молдагалиев (с добавлением русского суффикса -ев, что делает фамилию более привычной для русской грамматики), а также Мулдагали. Но форма Молдагали без суффикса — самая архаичная и прямая, она сохраняет изначальное звучание имени.