Фамилия Молдалиева образована от мужского имени Молдалы — тюркской формы арабского имени Мулла (от араб. «мауля» — господин, владыка). В тюркской среде, особенно у казахов, киргизов, узбеков, имя Молдалы означало «ученый», «грамотный», «священнослужитель», но чаще — «тот, кто получил религиозное образование». Суффикс -иев/-иева в этой фамилии — не русский, а тюркский патронимический формант, указывающий на принадлежность к роду: Молдалиев — «сын Молдалы». Фамилия закрепилась в русской записи с окончанием -а, типичным для женской формы, но в быту и документах встречается и мужской вариант Молдалиев.

География фамилии сосредоточена в Средней Азии и Казахстане, а в России — среди выходцев из этих регионов. Встречается в Киргизии, где имя Молдалы было распространено у кыргызов, в Узбекистане и Таджикистане, реже — у каракалпаков и туркмен. Изначально фамилия указывала на социальный статус предка: он мог быть муллой, учителем при мечети, чтецом Корана или просто человеком, знающим арабскую грамоту. В кочевых обществах, где письменная традиция была редкостью, звание «молда» выделяло человека среди сородичей.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев, где суффикс указывает на отчество, здесь патронимический аффикс -иев сохраняет тюркскую модель «имя отца + притяжательный суффикс». В дореволюционных записях фамилию могли писать как Мулдалиев, Молдалин или даже Молда-Алиев, если носитель имел двойное имя. Современное написание Молдалиева закрепилось в советских паспортах, где женская форма стала универсальной для всех носительниц.

Спорных версий происхождения немного: иногда фамилию связывают с именем Молдабай (где «бай» — богач, хозяин), но это самостоятельная фамилия. Более правдоподобно видеть в основе именно Молдалы — краткую форму, типичную для личных имен у тюркских народов. В ономастических справочниках по тюркским фамилиям (например, в работах Т. Джанузакова) форма Молдалиев описывается как производная от религиозного титула.