Фамилия Молдамурат — редкий для русского уха пример, который пришёл из тюркского ономастикона. Её основа — составное личное имя Молдамурат, где первая часть «молда» восходит к арабскому «мулла» — учёный, знаток ислама, духовное лицо, а вторая — «мурат» (араб. «мурад») означает «желание», «цель», «стремление». Вместе имя можно истолковать как «желанный мулла» или «цель учёного», но в быту оно чаще работало как пожелание: пусть ребёнок вырастет образованным и достигнет своей цели.

С точки зрения словообразования, фамилия застыла в форме полного имени без типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин). Это характерно для фамилий, которые фиксировали исходное имя в неизменном виде — так нередко оформлялись фамилии у казахов, киргизов, каракалпаков и других тюркских народов при записи в метрики или советские паспорта. В отличие от русских фамилий, где суффикс указывает на принадлежность («чей?»), здесь фамилия просто называет родоначальника: «потомок Молдамурата».

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и Кыргызстана, где имя Молдамурат встречается как мужское личное имя. Встречаются варианты написания: Молдамуратов, Молдамурат-уулу, но форма без суффикса — самая архаичная и прямая. Сословно предки могли быть из среды сельских мулл или просто грамотных людей, пользовавшихся уважением в ауле, но имя давали и в крестьянских семьях как благопожелательное.

Спорных версий у фамилии почти нет: корни прозрачны для тюркской ономастики. Единственное, что может сбить с толку, — сходство с фамилией Молдамурадов, где суффикс -ов уже русифицирует основу. Но Молдамурат — более старый, «необработанный» вариант, который не подгоняли под русскую грамматику. Если носитель фамилии интересуется историей рода, стоит искать записи в метрических книгах Туркестанского края конца XIX — начала XX века: именно там чаще всего фиксировали фамилии в форме прямого имени.