Фамилия Молдажанова — женская форма фамилии Молдажанов. Её основа — мужское имя Молдажан, которое в тюркских языках, прежде всего в казахском, складывается из двух частей: «молда» (мулла, грамотей, учёный-богослов) и «жан» (душа, человек). Буквально имя означает «душа муллы» или «человек, близкий к духовному лицу», но в переносном смысле так могли назвать ребёнка в семье, где ценили образованность и религиозность. Это не фамилия, произошедшая от прозвища или ремесла, а патроним — прямое указание на имя предка.

Суффикс -ов (-ова) в фамилии Молдажанова — классический для русской адаптации тюркских имен. Когда в XIX–XX веках казахи и другие народы Центральной Азии получали фамилии по российскому образцу, к основе имени добавляли стандартный русский суффикс принадлежности. В самой казахской среде фамилия могла бы звучать как Молдажанұлы (сын Молдажана), но русификация дала привычную форму на -ов.

Географически фамилия Молдажанова встречается в основном среди казахов и татар, особенно в регионах с сильным влиянием исламской учёности — в Западном Казахстане, Оренбуржье, а также среди казахов, переселившихся в Алтайский край или Омскую область. Встречаются и другие написания: Мулдажанова, Молдажанова с одним «н» — это следы разного произношения в диалектах или ошибки при записи в советских паспортных столах.

Редкость фамилии в том, что её основа — имя, напрямую отсылающее к социальному статусу. «Молда» в степи было не просто званием, а обозначением человека, умеющего читать и писать по-арабски, что давало уважение и влияние. Так что предки носителей фамилии Молдажанова, скорее всего, были не просто верующими, а людьми, связанными с мусульманским образованием или судебной практикой по шариату.