Фамилия Молибоженко — один из ярких примеров того, как в украинской фамильной модели застыла целая фраза. Её основа — повелительное наклонение глагола «молити» (молить) и существительное «Бог». Буквально: «Моли Бога». Такие «говорящие» фамилии-прозвища давали людям с заметной религиозностью — либо тем, кто часто повторял эту фразу как заклинание или присказку, либо просто богомольным крестьянам.

Суффикс -енко — типичный для восточной Украины патронимический показатель, означающий «потомок», «сын» или «малый». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за детьми по имени отца, украинские фамилии на -енко могли образовываться и от прозвищ, и от целых выражений. Молибоженко — это не «сын Молибога», а скорее «сын того, кого прозвали Молибог».

Интересная деталь: в русском языке фамилия могла бы звучать как Молибогов, но украинская форма сохранила глагольную конструкцию без изменений. Это редкий случай, когда фамилия не даёт забыть о своём происхождении из живой речи. Встречается она преимущественно в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской губерниях, где были сильны традиции казацкой старшины и духовенства.

Есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: связь с греческим словом «молибдос» (свинец) — якобы предок мог быть рудокопом или плавильщиком. Но она разбивается о простой факт: в славянских языках слово «молибден» закрепилось лишь в XVIII–XIX веках как научный термин, а фамилия Молибоженко фиксируется в ревизских сказках уже в XVII столетии. Так что «Бог» здесь куда вероятнее, чем «свинец».