Фамилия Моллаболганов — редкий случай, когда в одной основе соединились сразу два разнородных элемента: арабский титул и русский этноним. Первая часть, «молла», восходит к арабскому «мауля» — господин, владыка; в тюркских языках так называли мусульманского священнослужителя, знатока Корана, грамотея. Вторая часть, «болган», — это старое, диалектное обозначение болгарина, которое встречается в южнорусских говорах и в тюркоязычной среде. Вместе слово «молла-болган» могло означать «молла из болгар» или «болгарин, ставший моллой».

Суффикс -ов типичен для русских фамилий, но здесь он приставлен к основе, которая сама по себе не русская. Это указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской или бытовой среде: носителя прозвали по его происхождению и роду занятий, а потом записали по-русски. Скорее всего, предок был священнослужителем (моллой) в среде волжских болгар или среди крещёных татар, где этноним «болгар» долго сохранялся как самоназвание.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где исторически жили потомки волжских булгар, принявших ислам. Встречается она и у татар, и у башкир, и у некоторых групп чувашей. В русских переписях XIX века «болганами» могли называть не только славянских болгар, но и выходцев из Булгарского улуса, так что основа фамилии фиксирует не столько национальность, сколько региональную или конфессиональную принадлежность.

Интересно, что вторая часть фамилии — «болган» — в русских говорах звучала иначе, чем литературное «болгарин». Форма на -ан (ср. «молдаван», «цыган») характерна для просторечия и указывает на бытовое, неофициальное происхождение прозвища. Таким образом, Моллаболганов — это не «сын болгарского моллы», а скорее «потомок того, кого в народе звали болгарским муллой». Фамилия сохранила колорит межэтнического контакта, где русский суффикс скрепил арабский титул и тюркский этноним.