Фамилия Моллаев образована от имени Молла (Мулла), которое восходит к арабскому слову «мелла» - «образованный человек, учитель, наставник; проповедник (духовный титул)». Чередование гласных у/о может объясняться влиянием таджикского, узбекского или казахского языка.