Фамилия Моллачиев — редкий пример, где основа и суффикс вступают в смысловое противоречие. С одной стороны, корень «молла» указывает на мусульманского священнослужителя, знатока Корана. Слово «молла» (от арабского «мауля» — господин, владыка) в тюркских языках и на Кавказе закрепилось именно за духовным лицом, иногда — за грамотеем или учителем. С другой стороны, фамилия образована с помощью русского патронимического суффикса «-ев», который в этой форме типичен для фамилий на мягкий согласный или «й». Получается гибрид: восточное звание, обрусевшее по модели «Иван — Иванов», «Молла — Моллаев», а затем с чередованием — «Моллачиев».

Ключевая деталь — суффикс «-чи-». Он неслучаен. В тюркских языках аффикс «-чи» означает профессию или род занятий (сравните: «саз» — глина, «сазчи» — гончар; «чал» — возраст, «чалчи» — старик). Поэтому «Моллачи» — это не просто «сын моллы», а скорее «тот, кто при молле», «помощник моллы», либо человек, выполняющий функции моллы, но не имеющий полного сана. Фамилия Моллачиев, таким образом, могла означать «из рода Моллачи», где прозвище предка было не «Молла», а именно «Моллачи» — человек, прислуживающий при мечети или ученик муллы.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Закавказью, особенно к Дагестану и Чечне, где титул «молла» был распространён, а русская административная система в XIX веке активно оформляла местные прозвища в фамилии по имперским стандартам. Сословно предки Моллачиевых не были обязательно высшим духовенством — скорее, это низовое духовное сословие или грамотные крестьяне, получившие фамилию по профессиональному признаку. В отличие от фамилии Моллаев, которая могла принадлежать и самому молле, Моллачиев подчёркивает подчинённое или служебное положение основателя рода.