Фамилия Моллалиев — наглядный пример того, как тюркские языки и исламская культура повлияли на формирование фамилий на Кавказе и в Средней Азии. Её основа — слово «молла» (от арабского «мауля» — господин, владыка). В тюркской среде так называли грамотного человека, знатока Корана, мусульманского священнослужителя, учителя в медресе. Второй элемент — «Али» — имя четвёртого халифа и двоюродного брата пророка Мухаммеда, одно из самых распространённых в исламском мире.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к личному имени Молла-Али (или прозвищу, где «молла» — указание на профессию или статус) добавили тюркский патронимический суффикс -ли/-лы, а затем русский фамильный суффикс -ев. В тюркских языках суффикс -лы образует прилагательные со значением «имеющий что-то» или «относящийся к кому-то». В данном случае Моллалиев — буквально «из рода (человека по имени) Молла-Али» или «принадлежащий Молла-Али».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были сильны азербайджанские, кумыкские, лезгинские и другие тюркские общины, а также к Дагестану. Среди носителей фамилии Моллалиевых много потомков сельских мулл, учителей и судей. В дореволюционной России у мусульманских народов фамилии часто закреплялись через русскую администрацию: в документах писали «Молла-Али оглы» (сын Молла-Али), а позже это превратилось в фамилию с окончанием -ев, привычным для русского делопроизводства.

Стоит отметить, что ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Моллали́ев, хотя в разных семьях возможны варианты. Встречается и написание через дефис (Молла-Алиев), но в современном бытовании преобладает слитная форма. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Моллаев, Моллаханов, Молла-заде — то Моллалиев выделяется именно двусоставной основой, где имя Али служит уточнением к социальному статусу предка.