Фамилия Моллаева образована от имени Молла (Мулла), которое восходит к арабскому слову «мелла» - «образованный человек, учитель, наставник; проповедник (духовный титул)». Чередование гласных у/о может объясняться влиянием таджикского, узбекского или казахского языка. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Моллаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.