Фамилия Моллакаев образована от имени Моллакай. Оно представлет собой производную форму имени Мулла, которое в переводе с арабского языка на русский означает «наставник, образованный человек». Не исключено, что именование Моллакай было не именем, а прозвищем, имеющим ту же этимологию. Можно предположить, что Моллокаем назвали грамотного и начитанного человека, который был учителем. Таким образом, потомок человека, которого звали Моллакай, со временем получил фамилию Моллакаев.