Фамилия Моллакаев ведет начало от личного именования Моллакай. В основе лежит арабское слово «мулла» — «наставник, образованный человек». В тюркской среде, где имя и закрепилось, к основе добавили уменьшительно-ласкательный аффикс -кай, который придавал имени оттенок близости или уважительной фамильярности: так могли звать младшего родственника или просто человека, к которому относились с теплотой.

Скорее всего, Моллакай — не столько имя, сколько прозвище, хотя и с той же этимологией. Так могли назвать грамотного, начитанного человека, который учил детей или выполнял при мечети обязанности, требовавшие знания текстов. Впрочем, не исключено, что именование давали при рождении в семье, где хотели видеть сына образованным, — такие «говорящие» имена-пожелания в тюркской традиции встречаются часто.

Принадлежность к этому человеку и закрепил суффикс -ев, который в русской модели образования фамилий указывает на потомка: Моллакаев буквально значит «сын Моллакая». Фамилия встречается преимущественно в среде народов Северного Кавказа и Поволжья, где арабские заимствования через исламскую культуру были обычным делом, поэтому корень здесь не вызывает споров.

Отдельного внимания заслуживает написание: в ряде документов встречается вариант Маллакаев, что отражает диалектное произношение — в безударной позиции «о» часто редуцировалось до «а». Это не ошибка, а живая особенность устной речи, которая проникала и в письменные источники.