Фамилия Молюшкина — женская форма, мужской вариант — Молюшкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Молюшка, которое могло образоваться от глагола «молить» (просить, умолять). Скорее всего, так в старину называли человека, который часто обращался с просьбами, возможно, нищего или богомольца. Но есть и другая, более бытовая версия: Молюшкой могли прозвать того, кто постоянно «молил» — то есть докучал, надоедал просьбами. В русских говорах слово «моля» или «молюха» фиксировалось в значении «попрошайка» или «навязчивый проситель».

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин (-ын) указывает на принадлежность — «чей?» Молюшкин, то есть сын или потомок Молюшки. Такие фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, где отчество или прозвище отца переходило в фамилию детей без дополнительных суффиксов. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге и востоке, Молюшкин — характерный образец севернорусского ономастикона.

Интересно, что фамилия редкая и не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Это говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. В дореволюционных переписях Молюшкины встречаются в основном в Вологодской и Архангельской губерниях — там, где сохранялись древние прозвищные формы. В современной России фамилия остаётся малочисленной, но не исчезла: её носители живут в тех же северных регионах, а также в Москве и Санкт-Петербурге.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Молев, Молин, Моляков) показывает, что Молюшкин — более архаичный вариант, сохранивший уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк-. Это указывает на то, что прозвище Молюшка, скорее всего, давали не взрослому мужчине, а ребёнку или подростку, и оно закрепилось за родом уже в XVI–XVII веках. Таким образом, предки современных Молюшкиных — не просто «просители», а люди, чья семейная кличка отражала какую-то яркую черту поведения, замеченную ещё в детстве родоначальника.