Фамилия Молюшкин — наглядный пример того, как за одним и тем же звучанием могут скрываться разные прозвищные корни. В основе почти наверняка лежит имя или прозвище Молюшка. Но что оно означало — вопрос, на который нет одного ответа.

Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «молюшка» — так в некоторых говорах называли маленькую рыбёшку, малька, а в переносном смысле — мелкого, невзрачного человека. Прозвище могли дать невысокому ростом или худощавому парню. Такие «рыбные» фамилии встречаются нередко: Ершов, Карасёв, Щукин — Молюшкин стоит в том же ряду, но куда реже.

Вторая версия выводит основу из уменьшительной формы крестильного имени Емельян. В народе его переиначивали в Моля, Молюня, отсюда же Молюшка. Имя Емельян было распространено среди крестьян, особенно в центральной России, так что эта гипотеза не менее правдоподобна.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Молюшкин — буквально «сын Молюшки» или «человек из рода Молюшкиных». Такая модель типична для северных и центральных русских земель. Если бы фамилия образовалась от прозвища на -о, мы бы скорее увидели Молюшков, но вариант на -ин говорит о том, что основа кончалась на -а: Молюшка.

В словарях фамилия не фиксируется как широко распространённая. Она редкая, локальная, что типично для прозвищных фамилий, не перешедших в разряд дворянских. Носители Молюшкиных, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, а их предки жили в одном из регионов, где бытовало слово «молюшка» или имя Молюшка. Точную географию установить трудно — фамилия почти не встречается в современных телефонных справочниках и базах данных XIX века.