Фамилия Момсеева — вариант, который встречается реже, чем её «парная» мужская форма Момсеев. По сути, это притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: Момсеева — значит «дочь или жена Момсея». Так образовывали фамилии в основном в центральных и северных губерниях России, закрепив за женщиной прозвание по отцу или мужу.

В основе фамилии лежит мужское имя или прозвище Момсей. Скорее всего, это неканоническая, народная форма крестильного имени Мануил (от древнееврейского «с нами Бог»). В русской традиции имя Мануил нередко упрощали до Мануйла, а в просторечии — до Момса или Момсея. Такой переход звуков («н» в «м») и утрата слога — типичное явление в диалектной речи, особенно на Севере и Урале.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «момса» — так в некоторых говорах называли нерасторопного, вялого человека или, наоборот, того, кто «мямлит», говорит невнятно. В этом случае прозвище Момсей могло закрепиться за человеком с медлительным характером или нечёткой речью, а затем перейти в фамилию.

Фамилия Момсеева — редкая, её носители в основном сосредоточены в Поволжье и на Урале. Встречаются единичные записи в метрических книгах Симбирской и Самарской губерний XIX века. Среди известных людей с такой фамилией нет громких исторических фигур, что делает её типичным примером «народной» фамилии, образованной от имени, которое почти вышло из употребления.