Фамилия Момутенко — украинская по форме, что сразу видно по суффиксу -енко. В украинской ономастике этот суффикс означает «сын» или «потомок» (как белорусское -ович или польское -иц). То есть Момутенко — буквально «сын Момута». Основа фамилии — прозвище или личное имя Момут, которое и нужно разобрать.

Корень «момут» — тёмный и редкий. Самая правдоподобная версия ведёт к тюркским языкам. В тюркском «момут» (или «мамут») — это вариант имени Махмут (арабское «прославленный»), которое через татарское или ногайское посредство могло попасть в украинские степи и на Запорожье. Фонетически «Махмут» → «Момут» — обычное дело: редукция гласного и упрощение. В таком случае Момут — это адаптированное мусульманское имя, которое на украинской почве стало прозвищем, а потом и фамилией. Связь с мамонтом или словом «маметь» (устаревшее «большой, грузный») менее вероятна, хотя полностью исключать её нельзя — прозвища по внешности тоже давали.

Географически фамилия Момутенко тяготеет к центральным и южным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где фамилии на -енко — абсолютное большинство. В России она встречается редко и почти всегда указывает на украинские корни предков, переселившихся в XVIII–XIX веках на Кубань, Дон или в Новороссию.

Социально носители фамилии Момутенко почти наверняка были казаками или крестьянами. Фамилии на -енко в XVII–XVIII веках закреплялись в реестрах Войска Запорожского, а позже — в метрических книгах сельских церквей. Дворянской эта фамилия не была: суффикс -енко редко встречается у шляхты, которая предпочитала -ский/-цкий.

Орфография фамилии устойчива: Момутенко, а не Момутенко, хотя в старых документах могла встречаться вариация «Момутенко» с одним «т» — из-за небрежности писарей. Ударение в современном русском языке обычно падает на второй слог: Мому́тенко, хотя в украинском языке возможен и вариант на «о»: Момутенко́.