Фамилия Моников — редкий пример того, как географическое название может превратиться в фамилию, минуя стадию прозвища. В её основе лежит топоним Моника — так называется несколько небольших деревень в бывшей Псковской губернии и на севере современной Беларуси. Суффикс -ов в конце фамилии указывает на модель «чей?»: Моников буквально значит «сын человека из Моники» или «выходец из Моники». В русской ономастике такой способ образования встречается реже, чем патронимический (от имени отца), но для фамилий, привязанных к месту жительства, он вполне типичен.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем Моник. В русских говорах у слова «моник» несколько значений: так могли называть невысокого и плотного человека (от диалектного «моня» — пухлый), либо, наоборот, щеголя, который носит модную одежду (от французского «monique» через польское посредничество). Однако вторая версия слабее: фамилии на -ов от прозвищ с таким корнем встречаются единично, тогда как топонимическая версия подтверждается реальными географическими названиями.

Примечательно, что фамилия Моников практически не встречается в центральных и южных областях России. Её ареал — северо-запад: Псковская, Новгородская, Ленинградская области, а также приграничные районы Беларуси. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от местных деревень Моника, которые существовали именно в этом регионе. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян, получивших фамилию при переписях XIX века по названию родной деревни — стандартная практика для тех, у кого не было устойчивого родового имени.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет. Можно вспомнить разве что фамилию Мониковский — она образована по той же топонимической модели, но с польским суффиксом -ский, что указывает на шляхетское или униатское происхождение. Сама же фамилия Моников осталась в рамках простонародной, «мужицкой» модели на -ов, без претензии на дворянство.