Фамилия Моникова — женская форма фамилии Моников, и её происхождение менее очевидно, чем может показаться на первый взгляд. В русском языке суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), что обычно ведёт к отчеству или прозвищу отца. Однако основа «Моник» не является распространённым каноническим именем или профессией, поэтому здесь возможны два основных пути.

Первый и самый вероятный вариант: фамилия образована от имени Моника. Хотя это имя католического происхождения и было редкостью в крестьянской среде, в дворянских или городских семьях Российской империи оно встречалось. В таком случае Моников — это сын Моники, то есть фамилия по матери, что для русского патронимического строя необычно, но не исключительно. Второй вариант: основа восходит к прозвищу «Моник», которое могло быть уменьшительной формой от слова «монах» (с диалектным смягчением) или от названия мелкой монеты (моника в некоторых говорах — «денежка»). В этом случае фамилия указывала бы на занятие или характер предка: например, человека, связанного с монастырём, или того, кто торговал мелочью.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких редких форм, как Аников (от Анника), Паников (от Паника). Ономаст Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» отмечал, что фамилии на -иков часто возникали от женских имён или прозвищ с суффиксом -ик, что подтверждает первую версию. Географически фамилия Моникова встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине, что может указывать на смешанное русско-украинское происхождение.

Спорным остаётся вопрос: могла ли фамилия быть искусственной, семинарской? Прямых данных нет, но если бы она была образована от латинского monere (предупреждать) или греческого monos (один), то носила бы более книжный характер. В реальности же Мониковы — это скорее потомки конкретного человека по имени Моника или с прозвищем Моник, и именно эта бытовая, а не учёная основа кажется правдоподобнее.