Фамилия Морахонько — один из тех случаев, когда корень слова не лежит на поверхности, а суффикс сразу подсказывает географию. Окончание -онько — характерный признак украинских фамилий, образованных с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса. Такая модель (основа + -онько) типична для восточных и центральных областей Украины и означает, что фамилия возникла из прозвища или имени, к которому добавили «родственный» оттенок.

Самый вероятный источник — личное имя или прозвище Морах. В основе лежит либо крестильное имя Мавр (от латинского Maurus — «житель Мавритании», «тёмный», «смуглый»), либо его народная форма Мор, Мора. В украинском языке имя могло трансформироваться в Морах, а затем через суффикс -онько превратиться в «маленького Мораха» — то есть сына или потомка человека с таким прозвищем. Похожая цепочка: Москаль → Москаленко, Ткач → Ткаченко.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с глаголом «морати» (укр. «морити» — морить, изнурять). В таком случае Морах могло быть прозвищем человека, который занимался, например, мо́ркой рыбы или же был настойчивым, «замо́ренным» трудом. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ах в украинских прозвищах чаще образуется от имён, а не от глаголов.

Географически фамилия Морахонько встречается в основном на Черниговщине и в соседних районах Беларуси, что подтверждает её украинское происхождение с возможным влиянием белорусской антропонимии. В дореволюционных записях можно найти варианты Морохонько и Морахонко, что говорит о неустойчивости написания в устной традиции.

Социальный контекст: как и большинство фамилий на -онько, Морахонько не дворянского происхождения. Она возникла в среде крестьян или казаков, где прозвище закреплялось за целым родом. Никаких документальных упоминаний о знатных носителях нет — это фамилия простых людей, чьё прозвище когда-то дали предку за цвет кожи, внешность или упрямый характер.