Фамилия Морлян — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии и заставляет искать объяснение за пределами привычных русских корней. На слух она звучит как отчество или прозвище, но суффикс -ян (а не -ов/-ев или -ин) выдаёт нерусскую модель образования. В русской традиции фамилии на -ян характерны для армянской ономастики (например, Арутюнян, Петросян), но в данном случае армянское происхождение маловероятно: основа «Морл» не встречается в армянском именослове.

Более правдоподобная версия — западнославянское, возможно, польское или украинское влияние. В польском языке есть слово «mor» (мор, чума) и глагол «morzyć» (морить, изнурять), а суффикс -ан мог превратиться в -ян под украинским или белорусским влиянием. Тогда Морлян — это человек, связанный с морилкой, то есть либо тот, кто морит (например, голодом или болезнью), либо, что вероятнее, прозвище угрюмого, измождённого человека — «морёного». В говорах слово «морля» могло означать нечто тощее, слабое, или же относиться к человеку, который «морит» других своим нравом.

Есть и другая, менее очевидная линия: фамилия могла возникнуть от топонима. В Западной Украине и Польше встречаются населённые пункты с корнем «Мор-» (например, Морлянка, Морлин), а окончание -ян в польских фамилиях иногда указывает на выходца из определённого места (сравните с польскими фамилиями на -ан: Коваль — Ковалян). Если предок носителя фамилии был родом из села Морля или Морлин, его могли записать по месту жительства.

Поскольку фамилия не попала в массовые переписные книги Российской империи (там преобладали -ов, -ин и -ский), Морлян — скорее всего, поздняя фамилия, закрепившаяся у крестьян или мещан западных губерний после реформы 1861 года. Встречается она крайне редко, и в современных российских базах данных её носителей единицы. Спор о происхождении остаётся открытым, но наиболее рабочий вариант — прозвище от «морить» с региональным суффиксом.