Фамилия Мостуненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок» (как уменьшительно-патронимический формант), стал основным способом формирования фамилий на Левобережной и Степной Украине в XVII-XVIII веках. Таким образом, Мостуненко буквально значит «сын Мостуна» или «потомок Мостуна».

Корень фамилии — «Мостун» — восходит к прозвищу, которое, скорее всего, было связано с профессией или местом жительства. Прозвище Мостун мог получить человек, занимавшийся строительством или содержанием мостов, либо живший у моста. В украинских говорах слово «міст» (мост) давало множество производных, и «Мостун» — одна из таких уменьшительно-иронических форм. Менее вероятна, но возможна версия, что прозвище образовано от глагола «мостити» (мостить) и относилось к человеку, который «мостил» дорогу или укладывал бревна.

Географически фамилия Мостуненко привязана к центральным и восточным регионам Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской областям. Встречается она и на юге России, куда фамилия попала с миграционными волнами крестьян и казаков в XIX веке. Среди казацкой старшины и мещан эта фамилия не фиксируется как родовая — скорее всего, предки Мостуненко были крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по прозвищу, которое закрепилось за главой семьи.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -енко, которые часто образуются от крестильных имен (Иваненко, Петренко), Мостуненко стоит в ряду «ремесленных» фамилий, где прозвище указывало на конкретный род занятий. Это сближает её с фамилиями вроде Бондаренко или Шевченко, но с той разницей, что «мостовое» дело было менее распространенным, чем бондарство или сапожное ремесло. В документах XIX века встречаются варианты написания Мостуненко через «а» (Мастуненко) — это могло быть следствием аканья в южнорусских говорах или ошибки писаря, но исходная форма с «о» считается основной.