Фамилия Мотис — редкая и неочевидная для русского уха. В отличие от большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ин или -ский. Её окончание -ис указывает на то, что перед нами, скорее всего, не исконно русская, а заимствованная или искусственно оформленная фамилия. Самая вероятная версия происхождения — литовская или латышская основа.

В балтийских языках существует мужское имя Motis — это краткая форма от имени Motiejus, аналога русского Матвей. Суффикс -ис в литовских фамилиях — обычный показатель мужского рода (как -ас или -ус). Таким образом, Мотис — это типичная литовская фамилия, образованная напрямую от имени предка: «сын Мотиса» или просто «Мотис». Носители такой фамилии — выходцы из исторических земель Великого княжества Литовского, то есть с территории современной Литвы, Беларуси или западных областей России.

Есть и альтернативная, хотя и менее убедительная версия. В западных диалектах немецкого языка слово «Motte» означает «мотылек» или «моль». Фамилия могла возникнуть как прозвище суетливого, легкого на подъем человека или, напротив, того, кто портит вещи (в переносном смысле — назойливый). Однако для немецких фамилий типичны окончания -ер, -ман, -ен, а не -ис. Поэтому немецкое происхождение возможно только в случае, если фамилию «онемечили» на письме, исказив исходную балтийскую форму.

С точки зрения русской ономастики, фамилия Мотис — это так называемая «нестандартная» фамилия. Она не склоняется по правилам русской грамматики как типичная фамилия на согласный (Мотис — Мотиса — Мотису). Встречается она в основном в Прибалтике, а также среди потомков литовских переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В России носители фамилии Мотис — это, как правило, потомки литовцев или белорусов, чья фамилия сохранила первоначальное национальное оформление без русификации.