Фамилия Мотркина — женская форма фамилии Мотркин, и её происхождение, скорее всего, связано с неканоническим именем или прозвищем Мотрка. В русской ономастике суффикс -к- в основе указывает на уменьшительно-ласкательную или уничижительную форму: так называли человека в быту, в кругу семьи или в среде односельчан. Мотрка — это вариант имени Матрёна (каноническое Матрона), которое было очень распространено в крестьянской среде вплоть до XX века. Имя Матрёна в народной речи давало множество производных: Матрёшка, Мотя, Мотря, Мотрка. Соответственно, Мотркин — это «сын Мотрки» или «человек из семьи Мотрки».

Интересно, что фамилии на -ин, образованные от женских имён, в русской традиции встречаются заметно реже, чем от мужских. Обычно они возникали, если мать была вдовой и главой семьи, либо если женщина пользовалась в округе особым авторитетом (например, повитуха или знахарка). В случае с Мотркиной нельзя исключать и такую социальную подоплёку: предок мог получить прозвище по матери, а не по отцу, что выделяло его род среди соседей.

Географически фамилия не является массовой. Наиболее плотные следы Мотркиных встречаются в Поволжье, в частности в Ульяновской и Самарской областях, а также в некоторых районах Татарстана. Это косвенно подтверждает, что фамилия закрепилась в среде государственных (не крепостных) крестьян, где фамилии часто складывались стихийно и фиксировались в метрических книгах по живому произношению, без строгой унификации.

С точки зрения словообразования, фамилия Мотркина стоит в одном ряду с такими редкими «матрилинейными» фамилиями, как Анюткин, Дарьин или Катькин. Если ваш предок носил фамилию Мотркин, то с высокой вероятностью его мать или бабушку звали Матрёной, и это имя стало родовым прозвищем. Других правдоподобных версий — от географических названий или профессий — для этой фамилии не существует.