Фамилия Мотсеенко — один из ярких примеров украинской модели фамилий на -енко. В ономастике суффикс -енко традиционно считают патронимическим (отчества-прізвища), то есть буквально «сын такого-то». В данном случае — «сын Моця» или «сын Мотця». Однако корень фамилии неочевиден и допускает как минимум две версии происхождения.

Первая и самая вероятная: основа «Мотс-» восходит к уменьшительной форме имени Матвей (Матей, Матій). В украинском языке имя Матвій в разговорной речи давало варианты Моть, Моц, Мотсь, а далее — Мотсько, Мотсенко. Схема обычная: имя → уменьшительная форма → патроним с суффиксом -енко. Если так, то предок носителя фамилии был сыном человека по имени Матвей (в церковной традиции — Матфей).

Вторая версия менее распространена, но возможна: основа связана с диалектным словом «моть» (мот, расточитель) или «мотся» — нечто мелкое, несерьёзное. В таком случае фамилия могла закрепиться за человеком, получившим прозвище Мотся (или Мотька) за расточительность или за малый рост. Но для фамилий на -енко прозвищная основа встречается реже, чем имя-основа, поэтому первая версия надежнее.

Географически фамилия Мотсеенко почти наверняка родом с территории современной Центральной или Восточной Украины (Черкасская, Полтавская, Киевская области). Именно в этих регионах модель на -енко в XVI–XVII веках стала массовой, вытеснив более архаичные суффиксы. В письменных источниках фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах Российской империи — скорее всего, предки были казаками или крестьянами. Вариант написания с двумя «с» («Мотсеенко») может быть результатом поздней русификации или описки в метриках: исходная форма могла звучать как Моценко или Мотьсенко.

Таким образом, Мотсеенко — это «сын Матвея» (или, реже, «сын Моця-расточителя»). Фамилия украинская по происхождению, без аристократического ореола, но с ясной и живой внутренней формой.