Фамилия Мотсеев — редкий случай, когда на слух она звучит почти как Моисеев, но пишется иначе, и это не случайная описка. Здесь работает другой словообразовательный механизм. Основа — не библейское имя Моисей, а его просторечная, народная форма Мотся. В русских говорах, особенно на северо-западе и в центральных областях, имя Моисей могли сокращать до Мотя, Мотька, а уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -с- давала Мотся. Точно так же от Иван получали Иванся, от Михаил — Михся. Таким образом, Мотсеев — это «сын Мотси», то есть потомок человека, которого в быту звали Мотсей.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: чей? — Мотсеев. По модели это типичная русская патронимическая фамилия, но с нестандартной основой. В отличие от фамилии Моисеев, которая образована от полной церковной формы имени, Мотсеев закрепила за собой разговорный, деревенский вариант. Это не ошибка и не искажение, а самостоятельная ветвь, возникшая в среде, где имя произносили на свой лад. В документах XIX века можно встретить и написание Матсеев — из-за акающего произношения, когда безударное «о» звучало как «а».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было распространено имя Моисей в народных формах: Владимирская, Ярославская, Костромская губернии. Встречается она редко, поэтому носители Мотсеевых часто связаны между собой отдалённым родством. Социальный состав — в основном крестьяне и мещане, реже — духовенство. В среде священников имя Моисей давали часто, но там предпочитали книжную форму, поэтому Мотсеев — фамилия скорее мирская, нецерковная.

Если сравнивать с однокоренными, то Мотсеев стоит в одном ряду с Мотяевым, Мотькиным, Моткиным. Все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Мотсеев выделяется тем, что сохранил редкий суффикс -с-, который в русской антропонимии встречается нечасто. Это делает фамилию не просто вариантом Моисеева, а отдельным ономастическим экспонатом, показывающим, как живое произношение создавало свои фамильные линии.