Основой фамилии Мойтохонов послужило мирское имя Мойтохон. Фамилия Мойтохонов, скорее всего, образована от имени Мойтонох. Оно, предположительно, состоит из двух частей: «мой» и «тохон». Первая из них является местоимением. Вторая часть имени Мойтохон может восходить к глаголу «тохнуть» со значением «умирать». Таким образом, имя Мойтохон можно трактовать как «мой умирающий». Так, нарекая младенца именем Мойтохон, родные желали ему здоровья и долголетия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мойтохон, со временем получил фамилию Мойтохонов.