Фамилия Мойтохонова заставляет сразу искать корни за пределами центральной России — её звучание и структура выдают восточное происхождение. Она образована от мужского имени или прозвища Мойтохон, которое, скорее всего, имеет бурятские или монгольские истоки. Суффикс -ов/-ев в конце указывает на русскую модель фамильного образования: «чей?» — Мойтохонова, то есть потомок человека по имени Мойтохон.

Основа «Мойтохон» может восходить к двум бурятским словам. Первое — «мойто» (мох, лишайник), что в переносном смысле могло означать мягкого, «мшистого» или, наоборот, цепкого человека. Второе, более вероятное, — «мойтон» (глуповатый, простоватый), а уменьшительный суффикс -хон придаёт оттенок ласкательности или пренебрежения: «глупенький» или «простачок». В бурятской антропонимике такие имена-прозвища нередко давали как обереги — чтобы отвести от ребёнка злых духов, притворяясь, будто он не представляет ценности.

Поскольку фамилия оканчивается на -ова, она принадлежит женщине. Мужской вариант — Мойтохонов. Географически фамилия тяготеет к Бурятии, Забайкальскому краю и Иркутской области — регионам, где бурятский язык и культура смешивались с русской административной системой. В метрических книгах XIX века такие фамилии часто фиксировались у крещёных бурят, переходивших в православие и получавших русскую фамильную форму.

Редкость фамилии объясняется тем, что исходное имя Мойтохон не было широко распространено даже в бурятской среде. Сравните с более частыми фамилиями вроде Бадмаев или Цыренов — там основы были популярными буддийскими именами. Мойтохон же — локальное, почти деревенское прозвище, которое не перешагнуло границы одного улуса или рода. Поэтому носительница фамилии Мойтохонова почти наверняка связана с бурятскими корнями, а её предки жили в небольших поселениях Восточной Сибири, занимаясь скотоводством или охотой.