Фамилия Моженкова — женская форма, а мужская, Моженков, образована по одной из самых продуктивных моделей русского языка: от прозвища или имени с суффиксом -ов, который указывал на принадлежность («чей?» — Моженков, то есть сын Моженка). Основа здесь — прозвище Моженок, и ключ к его происхождению лежит в диалектной лексике северных и центральных областей России.

Слово «моженок» в ряде говоров означало «мозоль» или «натоптыш». Прозвище могли дать человеку, у которого часто болели или были заметны ноги, — возможно, много ходившему пешком крестьянину, бурлаку или пахарю. В таком случае фамилия относится к группе «телесных» прозвищ, которые в деревне давали без обидного оттенка, а скорее по заметной внешней черте.

Есть и вторая, более редкая версия: «моженок» могло быть уменьшительной формой от слова «можный» — то есть «сильный», «могучий» (от древнерусского «мочи»). Тогда прозвище носило бы уважительный оттенок и подчеркивало физическую силу или властность человека. Однако эта гипотеза менее убедительна: в русских говорах форма «моженок» в значении «силач» почти не фиксируется, а вот «мозоль» встречается в словарях XIX века.

Суффикс -ок в основе (Можен-ок) типичен для прозвищ, которые затем становились фамилиями: он придавал слову бытовой, «свойский» оттенок. Встречаются однокоренные фамилии — Моженов, Можин, — но Моженков выделяется именно этим уменьшительным суффиксом, что сближает её с фамилиями типа Коженков, Роженков, образованными от обиходных прозвищ.

Географически фамилия Моженков встречается в основном в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Костромской губерниях, где были распространены говоры, сохранившие слово «моженок». В сословном отношении предки Моженковых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: прозвища с бытовой основой редко встречались у дворян.