Фамилия Мручковский звучит для русского уха необычно, но её строение прозрачно: перед нами типичная фамилия на -ский, указывающая на дворянское или шляхетское происхождение, а чаще — на географическую привязку. Такие фамилии в Польше, на Украине и в западных областях России получали по названию поместья или местечка. Основа «Мручк-» почти наверняка восходит к польскому или украинскому слову «мручок» — уменьшительной форме от «мрук». В свою очередь, «мрук» — это диалектное, западнославянское название хомяка. В польском языке «chomik» — хомяк, но в некоторых говорах бытовала форма «mruk» или «mruczek» с тем же значением: зверёк, который издаёт характерное ворчание, «мручит».

Таким образом, Мручковский — это, скорее всего, потомок владельца усадьбы «Мручки» или «Мручково». Такие топонимы реально встречаются на территории современной Польши (например, деревня Mruczków). Владельцу такого имения давали прозвание по названию его вотчины, а его дети и внуки уже записывались как Мручковские. Вторая, менее вероятная версия — прозвищное происхождение: родоначальника могли прозвать Мручок за сходство с хомяком (ворчливый, запасливый) или за привычку бормотать, «мручать». Однако для фамилий на -ский типичнее именно топонимическая модель.

Суффикс -овск- в русской передаче — это адаптация польского -owski. В Речи Посполитой фамилии такого типа были распространены среди мелкой шляхты, которая часто брала фамилию по своему крошечному хутору. Поэтому Мручковские — это не случайная фамилия, а маркер определённого социального слоя: скорее всего, обедневшие однодворцы или шляхтичи, осевшие на юго-западных рубежах Российской империи. В XIX веке носители фамилии встречаются в Волынской, Подольской и Киевской губерниях — там, где польское землевладение было заметным.

В русском языке фамилия почти не имеет однокоренных аналогов, что подчёркивает её западнославянский корень. Спорных версий тут немного, и самая правдоподобная — хомячья: неожиданно, но именно так выглядит этимология этого звучного и редкого рода.