Фамилия Мрукалова — редкий случай, когда написание через «о» (Мрук-а-лов-а) почти наверняка скрывает за собой другую, исходную букву. В русской ономастике фамилии с сочетанием «мр» в корне встречаются нечасто, и почти всегда это результат фонетических изменений или адаптации иноязычных основ.

Словообразовательная модель здесь стандартная: суффикс -ов- (в женском роде -ова) присоединён к основе «Мрукал-». Эта основа, скорее всего, восходит к прозвищу или личному имени Мрукало. Откуда оно взялось? Самая правдоподобная версия — это южнославянское или западнославянское влияние, где «мрк» или «мрч» означает «темный», «мрачный» (сравните сербское «мрк» — темный, хорватское «mrk»). В русских говорах такого слова нет, зато есть фамилии Маркалов, Моркалов, которые в диалектах могли произноситься как Мрукалов из-за редукции гласных («а» или «о» в безударном положении переходило в нечто среднее, что на письме закрепилось как «у»). То есть первоначально прозвище могло звучать как Маркало или Моркало — от имени Марк или от слова «морока» (хлопоты, беспорядок), но в устной речи превратилось в Мрукало.

Менее вероятная, но допустимая версия — отглагольное происхождение. В некоторых русских диалектах «мрукать» означало «ворчать», «бормотать» (звукоподражательное). Тогда Мрукало — это ворчун, человек, который говорит невнятно. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол «мрукать» не фиксируется в центральных и северных говорах, где формировалось большинство русских фамилий.

Географически фамилия Мрукалова привязана к югу России и Украине. Встречается в документах Воронежской, Ростовской областей, а также в Краснодарском крае — регионах, где исторически была высока доля переселенцев из Малороссии и где славянские диалекты смешивались с украинскими. Это косвенно подтверждает версию о южнославянском или украинском корне: в украинском языке есть слово «мрука» (туман, мгла), от которого легко образовалось прозвище.

Сословного статуса носителей фамилии определить не удаётся — фамилия редкая, не попала в дворянские родословные книги и массовые ревизские сказки. Скорее всего, предки были крестьянами или казаками. Уникальность фамилии в том, что она сохранила в написании редкий для русского языка переход гласного, который лингвисты называют «диссимиляцией» или «ассимиляцией по лабиализации» — когда под влиянием губного «м» соседний звук меняется на «у». В результате мы имеем фамилию, которая звучит так, как её слышали в живой речи, а не как её записали по правилам орфографии.