Фамилия Мшагская — редкий пример, где географическая основа очевидна, а история происхождения упирается в топонимическую загадку. Её образует суффикс -ск-, типичный для польских, украинских и русских дворянских фамилий, указывающий на связь с местностью. Вопрос в том, что это за местность.

Самая прямая версия отсылает к гидрониму Мшага — реке в Новгородской области, левому притоку Шелони. На ней стоит деревня Городня, а в прошлом — погост Мшага, упоминаемый в писцовых книгах XV–XVI веков. Если фамилия образована от этого названия, то её носитель мог быть выходцем из тех мест, возможно, помещиком или священником, владевшим землёй на Мшаге. Суффикс -ск- в таком случае указывает на принадлежность к «Мшагской волости» или «Мшагскому погосту». В пользу этой версии говорит и то, что фамилия явно не крестьянская по модели: окончание -ая характерно для женской формы (Мшагская — жена или дочь Мшагского), а мужской вариант — Мшагский — встречается в исторических документах, например, в списках новгородских дворян.

Есть и менее очевидный вариант. В древнерусском языке слово «мшага» могло означать мох, болото, топкое место (родственное «мшара»). Тогда фамилия Мшагская могла возникнуть как прозвищная, от названия болотистой местности, где жил человек. Но для прозвища суффикс -ск- нехарактерен — он скорее топонимический. Поэтому версия с рекой Мшагой выглядит убедительнее, тем более что гидроним с таким корнем не единичен: есть река Мшага в Тверской области и несколько урочищ с похожими названиями.

Встречается фамилия крайне редко. В современных базах данных она фиксируется в основном на северо-западе России — в Новгородской, Псковской и Ленинградской областях, что косвенно подтверждает её привязку к новгородским землям. Сословно носители, скорее всего, относились к дворянству или духовенству: именно эти группы чаще всего брали фамилии по названиям имений и погостов. Крестьянские фамилии на -ский обычно появлялись позже, под влиянием семинарской традиции, но Мшагская не похожа на искусственную «семинарскую» — у неё слишком конкретная географическая основа.

Отдельного внимания заслуживает ударение. В фамилии Мшагская оно, скорее всего, падает на первый слог: Мша́гская, — как и в названии реки Мша́га. Однако в разговорной речи возможны варианты, особенно если носители утратили связь с исходным топонимом.