Фамилия Мшин — один из тех редких случаев, когда основа слова не бросается в глаза, а суффикс сразу указывает на географическое происхождение. Мшин — это не краткая форма отчества на -ов/-ев, а типично севернорусская фамилия, образованная с помощью суффикса -ин. Но в отличие от привычного «чей?» (например, Петров — сын Петра), здесь работает другая модель: фамилия могла возникнуть из прозвища или топонима, оканчивающегося на -а/-я. То есть Мшин — это «из семьи Мши» или «выходец из местности Мша».

Корень «мш-» почти наверняка связан со словом «мхи» (мох). В русских говорах, особенно в новгородских и псковских, «мша» — это моховое болото, топкое место, поросшее мхом. Отсюда и прозвище Мша: так могли назвать человека, жившего у болота, либо того, кто занимался добычей мха (мох использовали для конопачения изб, как подстилку для скота и даже как утеплитель). Второй вариант — прозвище за внешность или характер: «мшистый», то есть небритый, с щетиной, или неопрятный, обросший, как мохом.

География фамилии подтверждает болотную версию. Мшины встречаются почти исключительно на северо-западе России — в Новгородской, Псковской, Тверской областях, а также в Карелии. Это зона Валдайской возвышенности и Ильмень-Волховского бассейна, где мшистые болота — типичный ландшафт. В центральных и южных регионах фамилия практически не фиксируется, что делает её ярким маркером локального происхождения.

Словообразовательная модель здесь необычна: фамилия не от имени, а от географического или бытового термина, причём суффикс -ин присоединяется к основе, которая в именительном падеже звучит как «Мша». Если бы предка звали Мша, то его сын получал отчество «Мшин» (ср. Ильин, Никитин). Но в документах XVII–XVIII веков прозвище Мша не зафиксировано как личное имя, поэтому вероятнее, что фамилия произошла от названия деревни или урочища Мша (такие поселения до сих пор есть, например, в Ленинградской области). Переселенцы из такой деревни получали прозвище «Мша» или сразу фамилию «Мшин» при переписи.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мшистый, Мшаников, Мохов — показывает, что Мшин стоит особняком. В то время как Мохов (от «мох») распространён повсеместно, Мшин сохранил архаичную диалектную форму «мша» и привязан к узкому ареалу. Это фамилия-свидетель: по ней можно восстановить, что предки жили на сырых, болотистых землях, где мох был не просто растением, а частью хозяйства.