Фамилия Мсхалая — одна из тех, что сразу выдают грузинское происхождение. Она образована по распространённой в Западной Грузии модели: к основе прибавляется суффикс принадлежности -ая. В грузинском этот суффикс указывает на происхождение из определённого рода или места, примерно как русское «-ов» или «-ин». Ударение в фамилии падает на последний слог — Мсхала́я.

Основа «Мсхала» восходит к грузинскому слову «мсхали» (მსხალი), что значит «груша». Исходное прозвище Мсхала могли дать человеку по разным причинам: за любовь к этому фрукту, за особенность фигуры (круглый, мягкий) или за то, что он жил рядом с грушевым садом. В грузинской антропонимии прозвища от названий деревьев и плодов — явление обычное, например, Хурцидзе (от «хурци» — хурма) или Вашакидзе (от «вашак» — персик).

Географически фамилия Мсхалая сильнее всего привязана к региону Самегрело (Мегрелия) на западе Грузии. В Мегрелии суффикс -ая особенно характерен: он заменяет общегрузинское -дзе или -швили. Встречаются также варианты написания Мсхалиа и Мсхалаиа, но в русской передаче закрепилась форма Мсхалая. Внутри Грузии носители фамилии встречаются не только в Мегрелии, но и в Тбилиси, а за пределами страны — в России и странах бывшего СССР.

Что касается социального статуса, то фамилии с суффиксом -ая в Грузии чаще носили крестьяне и ремесленники, а не княжеские роды, у которых были свои окончания (например, -дзе у знати). Однако точных данных о сословной принадлежности конкретных Мсхалая нет — это скорее версия, основанная на общей закономерности грузинской ономастики.

Таким образом, фамилия Мсхалая — типичная мегрельская фамилия, образованная от прозвища, связанного с грушей. Её носители — потомки человека, которого когда-то так назвали за характер, внешность или место жительства.