Фамилия Муамбе — редкий случай для русского ономастикона. Она не вписывается в привычные модели с суффиксами -ов, -ин или -ский, а значит, её происхождение, скорее всего, не славянское. Вероятнее всего, Муамбе — это фамилия африканского происхождения, и её носители — потомки выходцев из стран Центральной или Западной Африки, где такие антропонимы распространены.

Основа фамилии — личное имя Муамба, которое встречается у народов банту (например, в Анголе, Демократической Республике Конго, Замбии). На языках банту «муамба» может означать «ребёнок, родившийся после близнецов» или «тот, кто пришёл после». В некоторых диалектах это имя давали мальчику, родившемуся вскоре после предыдущего ребёнка, подчёркивая порядок рождения. Окончание -е в русской передаче — это либо адаптация на слух (в оригинале имя часто звучит как Muamba или Mwamba), либо результат закрепления формы в документах при записи фамилии.

В России и странах бывшего СССР фамилия Муамбе встречается крайне редко, в основном в среде потомков студентов, учившихся в советских вузах по партийным или государственным линиям в 1960–1980-е годы, а также их детей, родившихся уже в СССР. Многие африканцы, получив образование, оставались или возвращались, и их фамилии закреплялись в русском обиходе без изменений — в отличие от славянских, где суффикс указывает на принадлежность («чей?»). Здесь фамилия — это прямое заимствование личного имени, ставшего родовым.

Словообразовательная модель проста: фамилия образована от личного имени без дополнительных русских суффиксов. Это так называемая «застывшая» форма, характерная для многих нерусских фамилий, вошедших в обиход через паспортные записи. Споров о корне нет: он однозначно африканский, бантуязычный. Сравните с фамилиями Мвамба, Мбомбо, Ндонго — все они построены по схожему принципу: основа — имя, окончание — фонетическая адаптация.

Социальный контекст: носители фамилии Муамбе в России — это, как правило, потомки интеллигенции, врачей, инженеров, дипломатов, приехавших по межгосударственным программам. В отличие от массовых крестьянских фамилий, эта несёт память о конкретном миграционном потоке XX века. Никаких достоверных сведений о дворянском или казачьем происхождении фамилии нет — это исключительно позднее заимствование.