Фамилия Мученикова звучит драматично, но её происхождение почти наверняка связано не с трагической судьбой, а с мирным крестьянским бытом. Основа фамилии — прозвище Мученик. В русских говорах так могли назвать не того, кто пострадал за веру, а скорее человека, который постоянно мучился от работы, хвори или бедности. В некоторых диалектах «мучеником» иронично называли неудачливого или чрезмерно старательного работника, который «мучится» над делом.

Фамилия образована по самой распространённой в России модели: к основе на согласный добавляется суффикс -ов, а затем окончание женского рода -а. Таким образом, Мученикова — это форма женского рода от фамилии Мучеников. В мужском варианте фамилия звучит как Мучеников. Суффикс -ов указывает на принадлежность: буквально «сын Мученика», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Обращает на себя внимание суффикс -ик в прозвище. В отличие от более редких вариантов (например, от слова «мученье»), форма с -ик — «мученик» — является литературной и церковнославянской. Это может говорить о том, что прозвище дали не в глухой деревне, а в среде, где был силён книжный или церковный язык, либо оно возникло как мирское имя, данное в честь святого.

С географической точки зрения фамилия Мучеников (и Мученикова) встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. Она не относится к числу самых редких, но и не массовая. Есть однокоренные фамилии, например, Мучкин, Мучников, но они образованы от других основ — от «мука» (пищевой продукт) или от глагола «мучить» с другим суффиксальным оформлением. Мученикова стоит в этом ряду особняком из-за прямого указания на состояние или качество человека.