Фамилия Мучерский — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает прозвищный. Суффикс -ский указывает на происхождение от названия места, и таким местом могло быть село или урочище Мучер (или Мучера). Такие топонимы встречаются в западных и южных регионах бывшей Речи Посполитой и Российской империи, например, в современной Беларуси или на Украине. В польской ономастике фамилии на -ский традиционно были шляхетскими, но в русской среде этот суффиг часто просто указывал на владельца или выходца из поместья, не обязательно дворянина.

Соблазнительно связать основу с украинским или польским «мучити» — мучить, но это ложный след. В восточнославянских говорах слово «мучер» не фиксируется как прозвище палача или истязателя; скорее, это искажённое «мучера» — диалектное название для мокрого, топкого места, болота или грязи, родственное слову «мучка» (мутная вода, муть). Если предок жил у такого болота или на речке Мучера, его и прозвали Мучерским — «тот, кто с Мучера».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «мучер» (в значении «чиновник», «сборщик податей»), заимствованным через крымскотатарскую или турецкую административную лексику. Однако для фамилии на -ский это нетипично: тюркские основы обычно дают фамилии на -ов/-ев. Поэтому версия с географическим названием остаётся основной, а прозвищная или служебная — лишь гипотеза без серьёзных подтверждений.

Фамилия редкая, носителей немного, и в дореволюционных справочниках она почти не встречается. Скорее всего, Мучерские — выходцы из мелкопоместной шляхты или крестьян западных губерний, получившие фамилию по названию хутора или деревни. Встретить её сегодня можно в основном в России и Беларуси, но массовой статистики нет.