Фамилия Муфлиханов — редкий пример тюрко-арабского именования, которое закрепилось на русской почве. Её основа — мужское личное имя Муфлихан, распространённое у татар, башкир и других народов, исповедующих ислам. Имя составное: первая часть «муфли» восходит к арабскому корню «фалаха» — «преуспевать, добиваться успеха» (отсюда же «фаллах» — земледелец, крестьянин). Вторая часть — «хан» — тюркский титул верховного правителя, который в составе имён со временем утратил прямое значение властителя и стал почётным компонентом, означающим «господин», «повелитель». Таким образом, Муфлихан можно перевести как «преуспевающий правитель» или «удачливый господин».

Модель образования фамилии — типичная для русского бытования тюркских имён: к основе Муфлихан добавили патронимический суффикс -ов. В среде татар и башкир фамилии на -ов стали массово появляться после реформ XVIII–XIX веков, когда имперская администрация требовала от инородческого населения закрепить наследственные фамилии по русскому образцу. Поэтому Муфлихановы — это потомки человека по имени Муфлихан, чьё имя записали в метрические книги или ревизские сказки именно в такой форме.

Интересно, что фамилия сохранила исходное ударение, которое падает на второй слог: Муфли́ханов. В русском языке ударение могло бы сместиться на суффикс, как в фамилиях от имён на -ил (Миха́йлов — от Михаи́л), но здесь оно осталось на месте, что выдает её тюркское происхождение. Среди однокоренных фамилий — Муфлихов (без второго компонента «хан») и Фаляхов (от той же арабской основы «фалаха»), но Муфлиханов стоит особняком из-за составной структуры.

Географически фамилия привязана к Волго-Уральскому региону, особенно к территориям современного Татарстана и Башкортостана. Встречается она и у казанских татар, и у мишарей, и у башкир, но везде — довольно редко. Это не массовая фамилия вроде Абдуллина или Хасанова, а скорее локальная, что говорит о том, что родоначальник не принадлежал к многочисленному клану, а был, вероятно, зажиточным крестьянином или сельским муллой. Сословная принадлежность по фамилии не определяется: в XVIII–XIX веках тюркские фамилии на -ов носили как государственные крестьяне, так и купцы, и служилые татары.