Фамилия Муфлиханова — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а арабское слово, пришедшее через тюркское посредничество. Её мужской вариант — Муфлиханов. Чтобы понять значение, нужно разобрать имя, от которого фамилия образована: Муфлихан. Это составное имя, где первая часть «муфли» (араб. مفلح — муфлих) означает «преуспевающий», «преуспевающий в делах», «достигающий успеха». Вторая часть «хан» — тюркский титул, который в составе личных имён часто терял прямое значение «правитель» и служил уважительным компонентом, подчеркивая достоинство или благородство носителя. Таким образом, Муфлихан — «преуспевающий хан» или, в более мягкой трактовке, «уважаемый человек, которому сопутствует удача».

Фамилия образована по русской словообразовательной модели с помощью суффикса -ов- (Муфлиханов → Муфлиханова для женщин). Это типичный патроним: «сын Муфлихана». Изначально такие фамилии закреплялись за мужчинами, а женская форма появлялась как указание на принадлежность к роду (жена или дочь Муфлиханова). Встречается фамилия преимущественно у народов Поволжья и Приуралья — татар, башкир, а также у кавказских народов, испытавших влияние ислама. В русском языковом пространстве она появилась не ранее XIX века, когда у тюркских народов начали массово фиксировать фамилии по отцу.

Интересно, что арабский корень «ф-л-х» (فلح), от которого образовано «муфлих», в исламской традиции несёт важный смысл: «фалах» — это успех, спасение, благоденствие. В Коране неоднократно встречается выражение «аль-муфлихун» — «преуспевшие», «спасшиеся». Так что имя Муфлихан могло быть дано с надеждой на духовное и мирское благополучие. Социальный статус предков-носителей фамилии, скорее всего, был связан со средой торговцев, ремесленников или духовенства — в крестьянской среде арабские имена с религиозным оттенком давали реже. Фамилия нечастотная, и её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких родов, расселившихся в результате миграций XIX–XX веков.