Фамилия Муфтохиддинова — редкий пример восточной, скорее всего таджикской или узбекской, фамилии, адаптированной к русской словообразовательной модели. Её основа — составное арабско-персидское имя или прозвище, а окончание «-ова» указывает на принадлежность женщине (носительнице фамилии) или на русскую фамильную форму, закрепившуюся в документах.

Разберём корень. «Муфтохиддин» — это сложное слово. Первая часть «муфтох» восходит к арабскому «мифтах» (ключ) или «муфти» (толкователь шариата, законовед). Вторая часть — «иддин» (от «ад-дин» — вера, религия). Таким образом, имя Муфтохиддин могло означать «ключ веры» или «законовед веры». Встречается и вариант написания «Муфтиддин» — здесь связь с титулом «муфтий» более прямая. Скорее всего, предок носителя фамилии был религиозным деятелем, учёным или просто получил такое имя при рождении — в мусульманской традиции имена с компонентом «дин» (вера) очень распространены.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») — классический русский патронимический суффикс, который в XIX–XX веках массово добавляли к нерусским фамилиям при записи в метрики, паспорта или советские документы. Первоначальная форма, скорее всего, была просто Муфтохиддин или Муфтиддин — без окончания. То есть фамилия образована от имени отца или деда: «чей?» — Муфтохиддинов, то есть потомок Муфтохиддина.

Географически фамилия тяготеет к регионам Средней Азии, где говорят на таджикском и узбекском языках, — Таджикистан, Узбекистан, а также к таджикским общинам в России. Встречается она редко, что говорит о её локальном происхождении, возможно, из одного рода или кишлака. В отличие от массовых фамилий вроде Каримовых или Ахмедовых, Муфтохиддиновы — это, вероятно, потомки конкретного человека с необычным именем, которое не получило широкого распространения.

С точки зрения социальной истории, обладатели такой фамилии, скорее всего, принадлежали к слою грамотных людей, связанных с исламским образованием — мулл, учителей медресе, судей. Имя «ключ веры» давали не случайно, его могли получить мальчики из семей, где ждали духовного пути. В советское время такие фамилии нередко упрощали или русифицировали, но вариант Муфтохиддинова сохранился — возможно, благодаря тому, что её носители жили компактно и не стремились менять документы.