Фамилия Муфтохов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — это необычная основа «муфтох», которая не встречается в современных русских нарицательных словах. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, заимствованного из тюркских языков. Основа «муфт» может восходить к арабскому или персидскому слову «муфтий» (исламский богослов, толкователь шариата) или к тюркскому «муфту» (бесплатный, даровой). Вторая часть «-ох» — это, вероятно, тюркский уменьшительно-ласкательный или уничижительный суффикс, который в русской среде мог адаптироваться как часть корня.

Таким образом, Муфтохов мог означать «сын маленького муфтия» или «сын человека, которого прозвали Муфтох» (например, за щедрость или, наоборот, за склонность получать что-то даром). Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель образования фамилий, что говорит о длительном проживании носителей в русскоязычной среде, вероятно, среди татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья.

Географически фамилия может быть привязана к регионам с сильным тюркским влиянием: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречаются также варианты написания с буквой «а» — Муфтахов, что подтверждает неустойчивость гласной в безударной позиции. В дореволюционных метрических книгах эту фамилию могли записывать как Муфтоховъ.

Спорные версии, например, связь с греческим «муфтос» (миф) или русским диалектным «муфта» (предмет одежды), маловероятны: первая не имеет исторических подтверждений, вторая — слишком далека по смыслу. Более правдоподобно, что фамилия отражает род занятий предка (священнослужитель) или его личную характеристику, закреплённую в прозвище.