Фамилия Муганлинская — яркий пример того, как географическое название становится родовым именем. Её основа — топоним Муганлы (варианты: Муганли, Муганлык), который восходит к названию местности Мугань. Это историческая область на юго-востоке Азербайджана, у побережья Каспийского моря, известная своими степями и зимними пастбищами. Корень «муган» — иранского происхождения, связан с зороастрийским понятием «маги» (жрецы огня) или с древним племенным названием.

Фамилия образована по типичной для восточнославянской ономастики модели с суффиксом -ск-, который указывает на принадлежность к месту. Форма женского рода — Муганлинская — говорит о том, что исходная мужская фамилия была Муганлинский. Такие фамилии в XIX — начале XX века часто получали выходцы из духовенства, купечества или дворянства, которые владели землями или происходили из села с названием Муганлы. Суффикс -ин- в основе («Муганл-ин-ская») — это уточняющий элемент, типичный для русских фамилий, образованных от названий деревень на -ино или -ино.

Вероятнее всего, носительница фамилии — потомок семьи, переселившейся из Закавказья в центральные губернии Российской империи. Это могло произойти в ходе административных реформ или миграций конца XIX века. Фамилия редкая, нечастотная даже в Азербайджане, где чаще встречается форма Муганлы (без суффикса -ск-). В русском контексте окончание -ская выдаёт в ней фамилию дворянского или разночинного происхождения, а не крестьянскую (у крестьян преобладали фамилии на -ов/-ев).

Ошибочно было бы связывать её с тюркским словом «муган» в значении «печаль» или «тоска» — это народная этимология, не подтверждённая историческими данными. Связь с топонимом Мугань — единственная убедительная версия.