Фамилия Муганлинский — редкий случай в русском ономастиконе: она образована не от личного имени, прозвища или профессии, а от географического названия. Её основа — топоним Муганлы (или Муганлин), который встречается в Закавказье и на Ближнем Востоке. Чаще всего так называли селения в исторической области Мугань (современный юго-восток Азербайджана и частично Иран). Суффикс -ский в конце фамилии — типичный для русских фамилий дворянского или польского происхождения, но в данном случае он просто указывает на связь с местом: «тот, кто из Муганлы».

Интересно, что в русском языке слово «муган» не имеет прямого значения, а «Муганлинский» звучит как прилагательное от названия села. Такие фамилии часто давали священникам при поступлении в семинарию: им меняли «неблагозвучную» фамилию на искусственную, образованную от места рождения или прихода. Возможно, первый носитель был выходцем из села Муганлы и получил эту фамилию при переезде в Российскую империю или при записи в духовное сословие. Вторая версия — фамилия могла возникнуть у русского офицера или чиновника, служившего на Кавказе и получившего прозвище по месту службы.

География фамилии очень узкая. Согласно открытым данным, Муганлинские встречаются в основном в центральной России и на юге Украины, но не образуют больших скоплений. Это говорит о том, что фамилия не передалась широкому кругу потомков, а осталась в пределах одной-двух семейных ветвей. В азербайджанском языке есть схожая фамилия Муганлы (без суффикса -ский), которая означает «житель Мугани», но русская форма с окончанием -инский — калька, сделанная уже на русской почве.

Словообразовательная модель проста: корень «Муганл» + суффикс -ин- (для согласования с русскими прилагательными) + суффикс -ский. Двойной суффикс -ин-ский встречается в фамилиях, образованных от названий на -лы (типа Карабахлинский, Шемахинский), и указывает на то, что исходный топоним был заимствован из тюркского языка. Таким образом, Муганлинский — это не «сын Мугана», а «человек из Муганлы», и фамилия эта — чисто географический маркер, почти как прозвище.