Фамилия Мугенова — женская форма, а её мужской вариант — Мугенов. С точки зрения словообразования здесь всё прозрачно: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын или потомок Мугена). Основа — прозвище или личное имя Муген. Но вот откуда взялось это имя — вопрос, на который нет однозначного ответа, и это делает фамилию особенно интересной.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках есть корень «мугу» или «мөгү», означающий «мудрость», «разум», «знание». В таком случае Муген — это человек, обладающий мудростью, знающий, возможно, старейшина или советник. Суффикс -ен мог выполнять усилительную или уменьшительную роль, как в других тюркских именах (например, Бектен — от «бек»). Эта версия хорошо вписывается в традицию давать прозвища по умственным качествам, особенно в кочевых обществах, где ценился опыт.

Вторая, менее распространённая гипотеза, связывает фамилию с географическим названием. В Башкортостане и Татарстане есть несколько топонимов с корнем «Муген» — например, деревня Муген в Оренбургской области. Предок мог получить прозвище «Муген» по месту жительства или выхода — так часто возникали фамилии у переселенцев. Однако эта версия слабее, потому что топонимы обычно сами образованы от личных имён, а не наоборот.

С фамилией Мугенов/Мугенова связана и одна редкая деталь: в некоторых диалектах казахского и башкирского языков слово «мүген» означало «порок», «изъян» (например, у скота). Вряд ли это стало основой для фамилии — прозвища с негативным смыслом давали редко и обычно с иронией, но полностью исключать такую возможность нельзя. В любом случае, в современном восприятии фамилия звучит как образованная от положительного или нейтрального корня.

Социально фамилия Мугенова не привязана к дворянству или купечеству — скорее всего, она крестьянская или казачья. Встречается преимущественно у башкир, татар и казахов, реже — у русских в Оренбуржье и Поволжье, что подтверждает тюркский след. Сравните с однокоренными фамилиями: Мугенов явно родствен Мугутдинову (где основа — арабское имя с тем же корнем) или Мугтасимову, но отличается более простой, «бытовой» основой без религиозного подтекста.