Фамилия Мугенов — редкий случай, когда прозвище, ставшее фамилией, почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с характером или поведением. Основа здесь — тюркское слово «муген» (или «мүген»), которое в ряде тюркских языков (особенно в казахском и башкирском) означает «спорщик», «упрямец», «человек, который любит перечить». Прозвище Муген могли дать неуступчивому, своенравному человеку, с которым трудно договориться. Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «сын Мугена» или «из рода Мугена».

Словообразовательная модель проста: тюркское прозвище Муген + русский патронимический суффикс -ов. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде татар, башкир, казахов и других народов, попавших в орбиту русского делопроизводства в XVI–XIX веках. Если бы фамилия закрепилась в тюркской среде без русификации, она звучала бы как Мугенов (с аффиксом принадлежности) или Мугенулы (сын Мугена).

Географически фамилия Мугенов встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это совпадает с зоной расселения башкир и оренбургских казаков, где тюркские прозвища активно переходили в русские фамилии. Встречается она и у казахов, но там чаще пишется как Мүгенов (с диакритикой). В русских переписях и метрических книгах XIX века единичные записи фамилии фиксируются в Уфимской и Оренбургской губерниях.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от арабского имени Мугин (Mughin) — «помогающий», «защитник». Но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Мугинов. Форма Мугенов с гласной «е» в корне устойчиво указывает на тюркское прозвище, а не на арабское имя. Поэтому версия со «спорщиком» — основная.

Фамилия не относится к дворянским или старым московским — её носители, скорее всего, были государственными крестьянами, казаками или мещанами из тюркоязычной среды. В советское время фамилия не получила широкой известности, её носители не упоминаются в крупных энциклопедиях или справочниках знаменитостей. Это редкая, локальная фамилия, сохранившая в своей основе живое прозвище — упрямого человека, который стоял на своём.