Фамилия Мугимов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или кавказская. В отличие от привычных русских фамилий на -ов, образованных от прозвищ или профессий, здесь корень «Мугим» явно заимствованный. В тюркских языках, особенно у народов Дагестана и Поволжья, «Мугим» (или «Мухим») может восходить к арабскому слову «мухим» — «важный», «значительный». Это имя-пожелание, которое давали мальчикам, чтобы они выросли уважаемыми людьми. Фамилия, таким образом, переводится как «сын (или потомок) Мугима».

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилии. Это типично для народов, долгое время входивших в состав Российской империи: татар, башкир, кумыков, лезгин. При переписях и паспортизации местные имена часто русифицировали, добавляя окончание -ов. Поэтому носители фамилии Мугимов с высокой вероятностью имеют корни в Татарстане, Башкортостане или в горных районах Кавказа, где распространён суффикс -ов при тюркской или арабской основе.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным русским словом «муга» — так в некоторых говорах называли смуглого, темноволосого человека. Но эта гипотеза слабая: в русском языке нет распространённого прозвища «Мугим», от которого пошла бы фамилия. Гораздо логичнее восточное происхождение, тем более что фамилия встречается в основном в регионах с тюркским населением, а не в центральной России.

По социальному составу предки Мугимовы — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие фамилию при общем учёте в XIX — начале XX века. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже подтверждает её позднее, «народное» появление. Сегодня фамилия остаётся редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Мугимов, ваша родословная почти наверняка ведёт в Поволжье или на Кавказ.