Фамилия Мугиынов — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено при записи. В русском языке нет органичного сочетания «ыы» подряд, а в тюркских языках, откуда фамилия, скорее всего, происходит, такая двойная буква невозможна. С высокой вероятностью перед нами опечатка или особенность транслитерации, и исходная форма фамилии — Мугинов или Мугийынов (с одной «ы»). Если же написание «Мугиынов» закреплено в документах, это может быть результатом ошибки паспортистки, которая механически перенесла в запись две буквы «ы» из устного произношения, где гласный звук был долгим.

Основа фамилии восходит к личному имени Мугин. Это имя имеет арабские корни и образовано от слова «мугин» (معين) — «помощник», «тот, кто оказывает поддержку». В исламской традиции аль-Мугин — один из эпитетов Аллаха, означающий «Дарующий помощь». Имя Мугин (вариант — Мугий, Мугинжан) было распространено у татар, башкир, казахов и народов Кавказа. Соответственно, фамилия Мугинов (или Мугиынов) — это типичная патронимическая модель, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Мугина, потомок человека по имени Мугин.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления тюркских фамилий, которая закрепилась в XIX–XX веках при проведении переписей. Если бы фамилия сохранила исконную форму, она могла бы звучать как Мугин-улы (у казахов) или Мугин-оглы (у азербайджанцев). Географически носители фамилии Мугинов (а значит, и её искажённого варианта) концентрируются в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), а также в Средней Азии, особенно в Казахстане и Узбекистане.

Таким образом, человек с фамилией Мугиынов, скорее всего, является потомком того, кого в роду звали Мугином — «помощником». Сама фамилия — свидетельство того, как арабское имя через тюркскую устную традицию попало в русский документооборот и получило нестандартное написание, которое, однако, не меняет её корневого смысла.