Фамилия Мугжанова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить окончание -а (женский род, форма от мужской фамилии Мугжанов) и суффикс -ов-, который в русских фамилиях чаще всего указывает на принадлежность («чей?»). Основа — Мугжан. Здесь мы видим два возможных пути, и оба ведут в тюркские языки, скорее всего, в казахскую или татарскую среду.

Первая и наиболее вероятная версия: разложение на «муг» и «жан». «Жан» (джан, ян) в тюркских языках — «душа», «жизнь», ласковое обращение, частый компонент личных имён (например, Гульжан, Алтынжан). Вторая часть «муг» может восходить к слову «мұғ» (каз.) — «горе», «печаль», или к «мұғ» в значении «учитель», «наставник» (от арабского «муаллим»). В таком случае имя Мугжан могло означать «печальная душа» (как охранительное имя, чтобы отвести сглаз) или «душа-учитель». В ономастике известна практика давать детям имена с «печальным» смыслом, чтобы обмануть злых духов.

Вторая версия — контаминация с арабским именем Мугжан, которое может быть вариантом имени Муджан (от арабского «мудж» — волна). В любом случае, фамилия явно не славянская по корню, а образована от личного имени или прозвища, бытовавшего в среде исламизированных тюркских народов. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия русифицирована, то есть предки жили в смешанной с русскими среде (например, в Поволжье, на Урале или в Казахстане) и фамилию записали по русской модели.

Географически Мугжановы встречаются в основном в Казахстане, реже — в Оренбургской и Астраханской областях России. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её относительно позднем оформлении (конец XIX — начало XX века) или о том, что она оставалась в устном бытовании среди кочевого населения. Сословно — скорее всего, казахи или татары, не принадлежавшие к дворянству; предки могли быть скотоводами, ремесленниками или мелкими торговцами.