Фамилия Магжанова — женская форма фамилии Магжанов, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем Магжан. В основе лежит тюркское (скорее всего, казахское или татарское) составное имя: «Маг» (от арабского «маг» — «величие», «слава») и «жан» (от персидского «джан» — «душа», «жизнь»). Таким образом, имя Магжан можно перевести как «величие души» или «славная душа». Фамилия образована по стандартной для русского языка модели: к основе имени добавили суффикс принадлежности -ов (в женском роде — -а). Эта модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов, которые входили в состав Российской империи и принимали православие, но сохраняли национальные имена.

В отличие от многих русских фамилий, которые пошли от прозвищ или профессий, Магжановы — это «патроним»: фамилия прямо указывает на имя отца. Первым носителем был человек, которого звали Магжан. В дореволюционной России такие фамилии часто фиксировались у выходцев из мещанского или купеческого сословия, а также у служилых татар, но могли встречаться и у крестьян. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья, Урала и Северного Казахстана, где исторически было сильное татаро-башкирское влияние.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ин (типа Пушкин, Державин), которые тоже образованы от имён, суффикс -ов/-ев здесь указывает на то, что имя отца не заканчивалось на -а или -я. Имя Магжан — мужское, твёрдое окончание, поэтому и фамилия получила «овскую» модель. Встречается и вариант написания с одной «н» — Магжанов, но двойная «н» в женской форме (Магжанова) — это орфографическая норма, закреплённая за фамилиями, где основа оканчивается на «н».

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Магжанов, Магжан, а также более редкие Магжановский (с польско-украинским суффиксом, указывающим на дворянское или шляхетское происхождение). Но основная масса носителей — это люди, чьи предки носили имя Магжан и жили в среде, где фамилии давали по отцу, а не по роду занятий. В современных базах данных фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном и относительно позднем закреплении (в основном в XIX веке, когда фамилии стали обязательными для всех сословий).