Фамилия Муисеева — редкий случай, где написание расходится с привычным слуху вариантом. В русском языке гораздо чаще встречается фамилия Моисеева, образованная от крестильного имени Моисей. Здесь же мы видим форму с «у» в начале — Муисеева. Скорее всего, перед нами не ошибка и не опечатка, а результат диалектного произношения или адаптации фамилии в конкретной местности. В некоторых говорах, особенно на стыке с украинским или белорусским языками, звук «о» в безударной позиции мог переходить в «у», давая на слух «Муисей» вместо «Моисей». Так что основа фамилии — всё то же библейское имя Моисей, которое в русской традиции давали при крещении.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Муисеев — сын Муисея (то есть Моисея). Модель типична для русских фамилий, образованных от канонических имён. Однако сам по себе вариант с «у» говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде, где грамотность была не поголовной, а писарь записывал прозвище или отчество на слух, по-простому. Это не делает фамилию «неправильной» — напротив, она ценна как живая запись народного говора.

С точки зрения географии, Муисеева — фамилия редкая. В отличие от массовой Моисеевой, она встречается точечно, чаще на юге России и в регионах, граничащих с Украиной. Встречается и вариант Муисеев (мужской род). Поскольку фамилия происходит от имени, а не от прозвища или профессии, предки носителя могли быть кем угодно: крестьянами, мещанами, священниками. Единственное, что можно сказать с уверенностью: родоначальника звали Моисеем, но в быту его могли называть Муисеем, и это прозвище закрепилось за детьми.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) вариант Муисеев не выделяется в отдельную статью, но описывается в контексте фонетических изменений при образовании фамилий от имени Моисей. Это лишний раз подтверждает: фамилия не выдумка, а закономерный диалектный след, который сохранился до наших дней.